Thông thường, trong một năm có 3 thời điểm thích hợp nhất để thu hoạch tổ yến đó là khi:

• Chim yến mới làm tổ nhưng chưa đẻ trứng: Lúc yến sào đang sạch nhất, không nhiễm bụi bẩn, phân, vỏ trứng, tạp chất. Tuy nhiên phương pháp này có thể làm giảm số lượng cá thể chim, ngoài ra chim mẹ cũng xây tổ mới khi phát hiện tổ cũ bị mất, điều này sẽ làm ảnh hưởng đến sức khỏe của chúng.
• Chim yến đã đẻ trứng nhưng trứng chưa nở: Khi này yến sào đã có cấu trúc đầy đủ hơn, dày và chất lượng tốt hơn. Tuy nhiên cách này được xem là tuyệt diệt chim yến do không có chim non được nở ra.
• Chim non đã cứng cáp và có thể rời tổ: Khai thác lúc này ít làm ảnh hưởng đến số lượng cá thể, đây cũng là phương pháp mà các nhà dẫn dụ yến chọn lựa để gia tăng bầy đàn, sản lượng sau mỗi mùa.

Trước đây, yến sào chỉ được khai thác thủ công trong các hang động vùng ven biển hoặc trên các đảo. Người khai thác cần phải trèo lên trên vách đá cao, tối, công cụ hỗ trợ thô sơ, không đảm bảo an toàn. Còn trong khoảng hơn 20 năm trở lại đây, tại Việt Nam đã học hỏi thành công kỹ thuật dẫn dụ yến vào nhà. 

Cụ thể là người nuôi yến sẽ xây dựng các nhà nuôi và tạo ra môi trường sống, nhiệt độ, độ ẩm… tương tự như trong hang động, sau đó dẫn dụ yến vào làm tổ và đẻ trứng. Chính vì thế mà số lượng cá thể của loài chim này đã được duy trì và tăng lên đáng kể, số lượng yến thu hoạch được cũng nhiều hơn.